2014年伊始 专注表观遗传10年 更专业 更放心

上海嘉因生物scRNA-seq客户文章在Cell Reports Medicine（影响因子14.3）杂志上发表啦！文中单细胞RNA-seq实验由嘉因生物完成。2023年2月，复旦大学附属华山医院赵曜教授团队和中国科学院动物所郭帆研究员团队在Cell Reports Medicine杂志上发表学术论文“Single-cell sequencing identifies differentia...

2023年6月，山东大学第二医院王传新、山东大学齐鲁医院徐硕/展翰翔团队在British Journal of Cancer杂志上发表学术论文“Chromatin accessibility uncovers KRAS-driven FOSL2 promoting pancreatic ductal adenocarcinoma progression through up-regulati...

2023年10月，中国医学科学院基础医学研究所张勇教授、北京大学生命学院李程教授和广州生物岛实验室朱大海教授团队在Cell Reports杂志上发表学术论文“CTCF coordinates cell fate specification via orchestrating regulatory hubs with pioneer transcription factors”，阐明了CTCF...

2024年2月，上海交通大学、上海市肿瘤研究所聂惠贞团队等在Research杂志上发表学术论文“A Nutrient-Deficient Microenvironment Facilitates Ferroptosis Resistance via the FAM60A–PPAR Axis in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma”，阐明对胰腺导管腺癌（panc...

2023年11月，南方科技大学/暨南大学深圳市人民医院陈善泽团队在Cell & Bioscience杂志上发表学术论文“METTL3-mediated m6A methylation regulates ovarian cancer progression by recruiting myeloid-derived suppressor cells”，为METTL3介导的m6A甲基化提供了新...

2023年10月，南方医科大学郭霞/张健/李欣团队在Advanced Science杂志上发表学术论文“NAT10/ac4C/FOXP1 Promotes Malignant Progression and Facilitates Immunosuppression by Reprogramming Glycolytic Metabolism in Cervical Cancer”，阐明了N...

2023年3月，复旦大学生命科学学院李琳团队在The EMBO Journal杂志上发表学术论文“PIF7-mediated epigenetic reprogramming promotes the transcriptional response to shade in Arabidopsis”，阐明PIF7通过招募组蛋白分子伴侣ASF1-HIRA复合体，增加组蛋白H3.3在染色...

2024年2月，南京医科大学韩晓、李锴团队在Nature Communications杂志上发表学术论文“M2 macrophages independently promote beige adipogenesis via blocking adipocyte Ets1”，阐明了M2巨噬细胞和脂肪细胞之间的直接通讯，发现Ets1响应巨噬细胞并负向控制线粒体含量和米色脂肪细胞形成的功能，...

哺乳动物受伤皮肤的屏障修复是通过创面愈合机制实现，创面愈合包括凝血、炎症、再上皮化、肉芽组织形成和疤痕重塑多个步骤，其中再上皮化是创面愈合的重要因素。近年来， RNA上的m6A修饰已经被证明参与RNA的命运决定，m6A的异常发生引起许多疾病的发病。但是m6A在创面愈合中的作用仍然未知。2023年7月，上海交通大学医学院附属第九人民医院李青峰教授团队在Inflammation and Reg...

模式担子菌灰盖鬼伞的子实体发育和形态建成受光照条件的调控。2022年2月，南京师范大学袁生团队在mBio杂志上发表学术论文“Molecular Mechanism by Which the GATA Transcription Factor CcNsdD2 Regulates the Developmental Fate of Coprinopsis cinerea under Da...

胰腺导管癌（PDAC）是全球第四大癌症现相关死亡因素，分子分型已被用于指导许多癌症的临床治疗，如乳腺癌和结肠癌，但尚未在PDAC中发挥作用。2023年10月，中山大学肿瘤中心林东昕院士团队和美国芝加哥大学何川教授团队合作在Nature Communications上发表学术论文“CSTF2 mediated mRNA N6-methyladenosine modification drive...

染色体外环状DNA(eccDNA)普遍存在于癌症基因组中，是一类至关重要但是研究较少的致癌因素。肝细胞癌（hepatocellularcarcinoma，HCC）是最致命也是最普遍的癌症之一，但eccDNA的结构、组成和全基因组频率和在肝细胞癌(HCC)中的作用还未被报道。 2023年5月，四川大学傅湘辉/田艳团队全面研究了人类HCC中eccDNA的特征，并且发现含有micro...

2023年12月，上海交通大学医学院附属第九人民医院范先群院士、贾仁兵教授、柴佩韦博士共同作为通讯作者在Nucleic Acids Research上发表学术论文“Histone lactylation-boosted ALKBH3 potentiates tumor progression and diminished promyelocytic leukemia protein ...

2023年11月，中山大学肿瘤防治中心林东昕/郑健研究组在Nature Genetics上发表学术论文“Super-enhancer RNA m6A promotes local chromatin accessibility and oncogene transcription in pancreatic ductal adenocarcinoma”，利用MeRIPseq鉴定了胰腺癌细胞的...

承接上篇，我们将接着介绍通过使用KnockTF 2.0数据库，从靶基因寻找上游转录因子/转录辅助因子的详细步骤！进入KnockTF 2.0数据库进入KnockTF 2.0数据库主页（http://www.licpathway.net/KnockTF/index.html）。主页对大家的到来表示欢迎，并对KnockTF 2.0数据库进行了简介，该数据库是T(co)F，即转录因子与转录辅助因子敲...

KnockTF 2.0的前世今生2019年末，李春权教授团队在Nucleic Acids Research杂志发表学术论文“KnockTF：a comprehensive human gene expression profile database with knockdown/knockout of transcription factors”，KnockTF 1.0数据库首次呈现。Kno...

上海嘉因于年初推出Rloop CUT&Tag服务R-loop是真核生物内广泛存在的三链核酸结构。近年来，R-loop被证明是基因表达和基因组稳定性的调节因子，引起了越来越多的关注。R-loop的全基因组定位可以帮助科学家们对Rloop的发生和功能进行精确研究。2024年2月嘉因生物推出Rloop CUT&Tag服务， 该服务基于CUT&Tag体系，利用S9.6抗体，在全基因组水平对R-loo...

接着前五篇有关R-loop CUT&Tag的系列文章，包括R-loop概览、R-loop与表观遗传、R-loop与转录终止、R-loop CUT&Tag 系列文章之四-R-loop CUT&Tag技术原理和技术对比和R-loop CUT&Tag系列文章之五：上海嘉因实操R-loop CUT&Tag数据大解密，本篇文章将介绍R-loop与基因组稳定性的关联性。01R-loop与D...

01嘉因生物R-loop CUT&Tag介绍为了得到高质量的R-loop数据，嘉因生物基于公司已有的CUT&Tag体系，利用S9.6抗体，开发了针对R-loop的CUT&Tag流程，具体流程包括：磁珠结合细胞/细胞核、S9.6 抗体识别R-loop、IgG二抗孵育、PA-Tn5孵育、DNA回收与建库。R-loop CUT&Tag能够在动物细胞或者动物组织上得到R-loop文库，测序后的数据通...

01全基因组水平R-loop定位方法R-loop是特殊的三链核酸结构，包括DNA：RNA杂合链和一条游离的DNA单链，广泛存在于各种生物的基因组中，包括细菌、酵母、植物和人类等（R-loop CUT&Tag系列文章之一：R-loop概览——结构、形成、分布、调控因子及病理生理功能）。在生物体内，调控因子精准调控R-loop的产生，在基因调控和基因组稳定上发挥重要作用（R-loop CUT&T...

接着R-loop概览和R-loop与表观调控，本篇文章将阐述R-loop与转录终止的关系，即R-loop可能导致Pol II（RNA polymerase II）暂停和转录终止的机制。01R-loop可能阻止Pol II回溯 R-loop可能能够阻止Pol II回溯。Pol II在转录延伸与回溯之间来回摆动，而R-loop的存在可能能够终止Pol II的回溯功能。0...

承接上篇R-loop概览，本篇文章我们将介绍R-loop与表观遗传学调控的关系，主要针对染色质可及性和转录调节。 R-loop相关的染色质特征（组蛋白翻译后修饰）与启动子和转录起始位点处的转录特征类似，包括组蛋白H3 Lys4的单甲基化和三甲基化（H3K4me1和H3K4me3）、组蛋白H3 Lys27乙酰化（H3K27ac）和转录延伸（组蛋白H3 Lys36的三甲...

01R-loop是具有DNA-RNA杂交体的特殊三链核酸结构1976年，Thomas等首次通过电子显微镜观察到了R-loop结构。R-loop，又称R环，是含有DNA-RNA双链和被置换的DNA单链组成的特殊三链核酸结构。R-Loop结构示意图02R-loop可通过顺式（cis）和反式（trans）形成R-loop可通过顺式（cis）和反式（trans）形成，顺式R环是当RNA聚合酶转录时，...

R-loop CUT&Tag系列文章之一：R-loop概览——结构、形成、分布、调控因子及病理生理功能01R-loop是具有DNA-RNA杂交体的特殊三链核酸结构1976年，Thomas等首次通过电子显微镜观察到了R-loop结构。R-loop，又称R环，是含有DNA-RNA双链和被置换的DNA单链组成的特殊三链核酸结构。R-Loop结构示意图02R-loop可通过顺式（cis）和反式（tr...

▍eccDNA/ecDNA介绍eccDNA(Extrachromosomal circular DNA)是指细胞内的染色体外环状DNA。近年来的研究表明，eccDNA与衰老，细胞通讯，DNA修复和基因组复制等诸多生理过程有关。2021年Nature发文指出，eccDNA是细胞凋亡的产物，具有免疫原性。此外，eccDNA可以在多个系统中被检出，如神经系统、循环系统、消化系统、免疫系统、肌肉骨骼...

▍RNA修饰介绍 RNA上已经报道了超过170种RNA修饰，这些修饰影响着RNA的合成，转运，功能和代谢，进而调节细胞功能。近年来，包括m6A，m7G，ac4C，m5C等在内的RNA修饰成为生命科学的研究热点。▍RNA修饰研究方法RNA修饰的研究方法主要有两种，一是基于抗体的免疫共沉淀的IP法(RIP-Seq)，这个方法常用来研究m6A，m7G，ac4C等修饰，另外一种是基于化合物转换法比...

▍组蛋白乳酸化介绍01乳酸代谢——可转化为乳酰辅酶A（Lactyl-CoA），参与组蛋白乳酸化在细胞质中，乳酸通过单羧酸转运体（Monocarboxylte Transporters，MCTs）转运到细胞中，并通过糖酵解或谷氨酰胺分解产生。细胞中乳酸的分解代谢有两种途径：1）乳酸被氧化成丙酮酸，丙酮酸进入线粒体并通过三羧酸循环代谢；2）乳酸通过糖异生转化为葡萄糖。乳酸可以转化为乳酰辅酶A，并...

▍RNA修饰介绍RNA上已经报道了超过170种RNA修饰，这些修饰影响着RNA的合成，转运，功能和代谢，进而调节细胞功能。近年来，包括m6A，m7G，ac4C，m5C等在内的RNA修饰成为生命科学的研究热点。▍RNA修饰研究方法RNA修饰的研究方法主要有两种，一是基于抗体的免疫共沉淀的IP法(RIP-Seq)，这个方法常用来研究m6A，m7G，ac4C等修饰，另外一种是基于化合物转换法比如亚...

▍RNA修饰介绍RNA上已经报道了超过170种RNA修饰，这些修饰影响着RNA的合成，转运，功能和代谢，进而调节细胞功能。近年来，包括m6A，m7G，ac4C，m5C等在内的RNA修饰成为生命科学的研究热点。▍RNA修饰研究方法RNA修饰的研究方法主要有两种，一是基于抗体的免疫共沉淀的IP法(RIP-Seq)，这个方法常用来研究m6A，m7G，ac4C等修饰，另外一种是基于化合物转换法比如亚...

▍RNA修饰介绍RNA上已经报道了超过170种RNA修饰，这些修饰影响着RNA的合成，转运，功能和代谢，进而调节细胞功能。近年来，包括m6A，m7G，ac4C，m5C等在内的RNA修饰成为生命科学的研究热点。▍RNA修饰研究方法RNA修饰的研究方法主要有两种，一是基于抗体的免疫共沉淀的IP法(RIP-Seq)，这个方法常用来研究m6A，m7G，ac4C等修饰，另外一种是基于化合物转换法比如亚...

▍RNA修饰介绍RNA上已经报道了超过170种RNA修饰，这些修饰影响着RNA的合成，转运，功能和代谢，进而调节细胞功能。近年来，包括m6A，m7G，ac4C，m5C等在内的RNA修饰成为生命科学的研究热点。▍RNA修饰研究方法RNA修饰的研究方法主要有两种，一是基于抗体的免疫共沉淀的IP法(RIP-Seq)，这个方法常用来研究m6A，m7G，ac4C等修饰，另外一种是基于化合物转换法比如亚...

▍RNA修饰介绍RNA上已经报道了超过170种RNA修饰，这些修饰影响着RNA的合成，转运，功能和代谢，进而调节细胞功能。近年来，包括m6A，m7G，ac4C，m5C等在内的RNA修饰成为生命科学的研究热点。▍RNA修饰研究方法RNA修饰的研究方法主要有两种，一是基于抗体的免疫共沉淀的IP法(RIP-Seq)，这个方法常用来研究m6A，m7G，ac4C等修饰，另外一种是基于化合物转换法比如亚...

除了乳酸化修饰检测和乳酸浓度的检测，如果您的实验或组学数据中出现乳酸代谢基因异常变化，乳酸合成或运输基因异常变化，或者线粒体功能发生变化时，也可以考虑检测乳酸化修饰的异常。乳酸代谢异常相关指标01糖酵解强度相关基因及表型 乳酸化修饰水平与细胞内糖酵解强度是正相关的。糖酵解的大多数反应都是可逆的，但由己糖激酶、磷酸果糖激酶-1和丙酮酸激酶催化的这3步反应是控制糖酵解方...

乳酸水平检测Histone Lactylation乳酸检测的意义直接检测乳酸化修饰具有周期长，成本高和样本制备繁琐的缺点，有没有更简单直观判断乳酸化修饰是否调控某一生化体系或是某一生理病理过程呢？答案是直接检测乳酸水平。乳酸化修饰具有剂量依赖效应，当细胞内乳酸水平升高，组蛋白乳酸化修饰也会增加，因此除了直接检测组蛋白乳酸化信号，还可以检测细胞内、组织内和体液中的乳酸水平。乳酸检测方法乳酸检测...

“SWEET TEMPTATION”乳酸化水平检测上次我们谈到组蛋白乳酸化修饰是表观遗传学的新热点， 国自然的新宠儿。现在我们来聊聊实验中出现的哪些信号是乳酸化研究的切入点。在生物化学上，Kla修饰是在赖氨酸ε氨基上加上一个乳糖基团，使得赖氨酸残基的分子质量增加了72.021Da。因此，对乳酸化修饰的直接检测，可分为对赖氨酸残基分子量变化的检测和赖氨酸分子构象变化的检测。11LC/MS 或 ...

“SWEET TEMPTATION”组蛋白乳酸化修饰——不能错过的表观研究新热点 (HISTONE LACTYLATION组蛋白乳酸化修饰是表观研究新热点)组蛋白乳酸化修饰是表观研究新热点HISTONE LACTYLATION 乳酸不光是代谢过程中重要的能量来源和糖异生前体，也是一种重要的信号分子。2019年《Nature》...

8月31日，球盟会(中国)官方网站（以下简称嘉因生物）王程扬博士应邀在上海市金山医院做了题为-利用CUT&Tag技术研究组蛋白乳酸化修饰 的汇报讲座。组蛋白乳酸化修饰（histone lactylation）是赵英明教授于2019年在Nature上首先发现并做系统阐述，其后该修饰在国际学术界引发广泛关注。赵教授的研究表明，细胞糖酵解产生的大量乳酸可以作为前体物质导致组蛋白赖氨酸发生乳酸化修...

胰腺导管癌（PDAC）是全球第四大癌症现相关死亡因素，分子分型已被用于指导许多癌症的临床治疗，如乳腺癌和结肠癌，但尚未在PDAC中发挥作用。2023年10月，中山大学肿瘤中心林东昕院士团队和美国芝加哥大学何川教授团队合作在Nature Communications上发表学术论文“CSTF2 mediated mRNA N6-methyladenosine modification d...

整合染色质可及性、转录因子和表观遗传修饰的转录调控对于建立和维持细胞身份至关重要。然而，在调节染色质可及性和基因转录方面，RNA 修饰是否以及如何与 DNA 甲基化相互作用尚不清楚。2022年9月7日，中山大学肿瘤中心林东昕/郑健团队、美国希望之城国家医学中心贝克曼研究所陈建军团队合作，在Nature Genetics 杂志在线发表题为“RNA m6A regulates transcrip...

客户寄语：CUT&Tag是研究蛋白质与DNA互作的新方法。与传统ChIP-Seq相比，该技术操作简单，信噪比高。我们也是**次尝试用CUT&Tag来做H3K9me3修饰的ChIP，效果还蛮好的，对文章的提升帮助很大。公司的技术人员也积极向我们解释这个新技术的原理以及数据的处理的细节，合作比较愉快。性染色体的起源需要在原性染色体之间建立重组抑制。在许多鱼类中，性染色体对是最近起源的同态染色体，...

客户寄语本研究展示出嘉因生物单细胞团队专业过硬的实验技能，也体现出华大智造DNBelab C4单细胞平台的高性价比和可靠质量。 长期以来，由于伦理和技术的限制，对植入阶段胚胎发育及相关疾病的研究进展缓慢。以干细胞为基础的胚胎体外模拟技术为科研人员提供了良好的平台，特别是类囊胚的构建很大程度上允许研究人员对植入前到植入后的连续过程进行操作和观察。2019年Belmonte实验室使用小鼠...

ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing） 是一种广泛用于研究基因组中开放染色质区域的高通量测序技术。其使用Tn5转座酶将染色质中的开放区域特异性地切割并标记，随后这些被标记的DNA片段会被分离，扩增和测序，从而产生一个基因组范围的染色质可访问性图谱。

杨浦区人力资源和社会保障局组织召开2015年博士后创新实践基地企业科研项目专家评审会。嘉因生物获得了10万元的建议资助金额。嘉因生物分别就企业科研项目的特点、可行性、实用价值，拟解决的关键技术问题、科研计划等展开论述，充分与评审专家沟通交流。在此过程中，嘉因生物充分展示了企业自身的科研创新精神及能力，获得评审专家一致认可。博士后创新实践基地是上海市人力资源和社会保障局首创，得到国家人社部首肯...

上海市科委公布了2015年度科技型中小型企业获得创新基金项目的企业名单，嘉因生物入选获批。科技型中小企业技术创新基金是1999年经国务院批准，专项用于扶持和引导科技型中小企业技术创新活动的政府专项资金。重点支持新一代信息技术、高端装备制造、生物产业、新能源、新材料、节能环保、新能源汽车等战略性新兴产业领域的关键技术创新和产品。创新基金支持的项目类型分为初创期企业项目、成长期企业项目和重点项目...

上海市科委公布了2016年度上海市浦江人才计划（A、B类）资助人员名单，嘉因生物入选获批。上海市浦江人才计划（简称浦江计划）项目是为进一步支持和鼓励海外高层次留学人员来沪工作和创业，优化上海创新创业发展环境，由上海市人力资源和社会保障局、上海市科学技术委员会联合启动实施的。嘉因生物李旦女士荣获上海市浦江人才计划（B类）资助。

为打造大众创业品牌，培育优秀人才，杨浦区人才工作领导小组主办了2017年度“大众创业人才支持计划暨第二届杨浦创业之星”大赛。嘉因生物作为同济大学园区企业，成为创业新苗，并荣获10万元创业奖金。

2018年五一前的一周，球盟会(中国)官方网站的实验技术同事与北京的营销业务同事，一起乘坐火车，远赴大连，在现场为客户进行ATAC-seq实验。尽管这是嘉因生物团队**次赴现场从事实验，但是所有的准备工作都有条不紊的展开。在嘉因生物团队抵达大连以后，我们的技术同事和业务同事，马不停蹄的赶到客户的实验室，从下午3点开始一直做到凌晨1点。可能大家有可能不解，为什么要做实验到那么晚呢？ 其实这体...

2018中国·天津华侨华人创业发展洽谈会-科技创新项目对接洽谈会发布时间:2018-07-17 18:04:51| 浏览次数：399 2018年7月13至7月16日由天津市人民政府、国务院侨务办公室共同主办的2018中国•天津华侨华人创业发展洽谈会，在天津梅江国际会展中心举行。 此次大会以“万侨创新、合作发展”为主题，除举办天津论坛外，还将举办科技创新项目对接洽谈会、“一带一路”建设对...

喜讯： 2018年杨浦区博士后创新实践基地科研项目立项名单出炉了，49家企业的52个科研项目参与角逐，39个科研项目获得累计267万元的区级项目资助资金，17家新入驻杨浦区博士后创新实践基地企业。其中，同济科技园资助企业项目32个，占总资助项目量82%；累计获得229万资助资金，占总资助额86%；11家新入驻基地企业，占新入驻企业数65%。 同济分基金资助企业项目23个...

嘉因生物客户的又一ChIP-seq表观遗传学大作！Nature Communications!感谢老师对嘉因生物的信任。也恭喜我们团队参与的表观遗传学文章 累积影响因子超过300分！

实验室里都是one by one研究某一通路的师兄师姐，顶多做个384孔板，就算高通量了。我的课题需要从全基因组范围寻找线索，需要做高通量实验，好想要一位做高通量实验的师姐，带我入门，带我玩耍 ~ ~ ~嘉因生物《高通量实验大师姐答疑活动》**期提问：我需要一位擅长高通量实验的大师姐 | ChIP实验问题请留言**期答疑及第二期提问：ChIP实验成败关键 | 片段化 + 抗体 | 组织样品处...

小伙伴们看了《把Cell爆文的思路、方法用到自己的研究中》都想知道：找到关键转录因子的这个图是怎么画的？Figure S5. Motif Dynamics, Related to Figure 3 (A) Enrichment scores of transcription factor binding motifs for the DHSs in human and mouse embry...

近日，由国家工信部指导、上海市经信委主办的2018阿里巴巴全球诸神之战创客大赛上海赛区暨“创客中国”上海市创新创业大赛与“上海最具投资潜力50佳创业企业”评选活动已经结束。该大赛以“围绕产业链，打造创新链”为主旨，通过激发创新潜力，集聚创业资源，发掘和培育一批“双创”优秀项目和优秀团队。积极营造“双创”氛围，催生新产品、新技术、新模式和新业态，推动中小企业转型升级。嘉因生物荣获上海最具投资潜...

上海市杨浦区商务委员会成功举办了2018年度“专精特新”中小企业授牌仪式，嘉因生物很荣幸通过了上海市杨浦区商务委员会资格复核，被评定为2018年杨浦区“专精特新”中小企业。“专精特新”项目是根据《工业和信息化部关于促进中小企业“专精特新”发展的指导意见》，结合建设具有全球影响力的科技创新中心重要承载区和“四新”经济发展要求，为引导中小企业走专业化、精细化、特色化、新颖化发展之路举办的企业认定...

测序中国2019年5月22日消息，专注于表观遗传学领域的球盟会(中国)官方网站（以下简称“嘉因生物”）近日宣布，获得由享象资本**投资的千万元人民币级别Pre-A轮融资。本次融资完成后，嘉因生物将加速基于表观遗传学技术的临床医学产品开发，进一步夯实公司在表观遗传学科研服务领域的领先地位。自2014年成立起，嘉因生物就致力于表观遗传学技术的开发和应用，经过多年技术积累，现已成为国内表观遗传学...

▍ATAC-seq/snATAC-seq介绍ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing） 是一种广泛用于研究基因组中开放染色质区域的高通量测序技术。其使用Tn5转座酶将染色质中的开放区域特异性地切割并标记，随后这些被标记的DNA片段会被分离，扩增和测序，从而产生一个基因组范围的染色质可访问性图谱。s...

▍CUT&Tag/scCUT&Tag介绍CUT&Tag（Cleavage Under Targets & Tagmentation）能够检测特定转录因子的结合位点或特定组蛋白修饰的发生位点。自从2019年Steven Henikoff 在Nature Communications发布该技术以来（目前引用超过1000次），该技术以其相对简化的实验操作，相对宽松的抗体级别要求，逐渐代替了ChIP...

▍Stereo-seq介绍空间转录组（Spatial Transcriptomics） 是一种用于研究细胞在组织切片上空间分布的实验技术。 传统上，转录组学主要关注基因在整体水平上的表达情况；空间转录组技术允许在组织切片上的成百上千个位置同时检测基因表达量，从而绘制出基因表达/细胞类型的空间图谱。Stereo-seq 是华大研究院开发的空间转录组技术平台。该平台具有纳米级分辨率，厘米级全景视...

▍DNBelab C4单细胞平台介绍DNBelab C4系列是华大智造推出的单细胞平台。该技术基于Drop-seq的液滴捕获原理，高效捕获细胞并且获取单个细胞内的分子信息。2022年3月，嘉因生物成为华大智造首批DNBelab C4系列高通量单细胞RNA文库制备认证服务商。2023年，嘉因生物再次获得认证，持续推进该项技术的推广和发展。▍DNBelab C4单细胞的技术优势优势一：CNS等高...

深圳人民医院刘园桐团队在《Journal of Cachexia Sarcopenia and Muscle》（IF=12.063）在线发表题为“ m6A demethylase ALKBH5 drives denervation-induced muscle atrophy by targeting HDAC4 to activate FoxO3 signalling ”的研究论文。该文通...

非酒精性脂肪肝(NAFLD)是世界上最常见的肝脏疾病，异常的脂质代谢和细胞外基质蛋白的积累是该疾病的标志，但潜在的机制在很大程度上是未知的。2023年3月，第四军医大学西京医院聂勇战团队在Liver International上发表学术论文“Detrimental role of SIX1 in hepatic lipogenesis and fibrosis of non-alcoholi...

上海交通大学医学院唐玉杰团队在《J Exp Clin Cancer Res》（IF=12.658）在线发表题为“ Dissecting super-enhancer driven transcriptional dependencies reveals novel therapeutic strategies and targets for group 3 subtype medullobl...

在杂交过程中，精子发生异常的转录因子调控导致异常的基因表达，这是杂交雄性不育（HMS）的发生机制。2022年12月，西南大学动物科学技术学院左福元和张龚伟团队在Journal of Dairy Science上发表学术论文“Evaluation of MYBL1 as the master regulator for pachytene spermatocyte genes dysregul...

单细胞ATAC-seq能用于什么研究？单细胞ATAC-seq能发现什么有意思的结果？单细胞ATAC-seq具体实验该怎么操作？下面我们就跟大家分享一下这篇教科书级别的单细胞ATAC-seq文献。细胞特异性基因的表达受到大量顺式调控元件（例如增强子和启动子）和反式调控元件（例如转录因子）的调控。对复杂组织的深入研究，需要单细胞层面的基因调控解析。本文利用单细胞ATAC-seq技术，获得不同类型...

发表期刊：Front Cell Dev Biol影响因子：5.201应用技术：scRNA-seq、WISH、IHC研究背景眼前节(AS)的组装是脊椎动物视觉系统发育过程中的关键事件。此过程失败会导致眼前节发育不全 (ASD)，ASD会引起包括角膜混浊，虹膜发育不全，青少年青光眼，以及包括彼得氏异常症和阿克森费尔德-里格尔综合症在内的多种疾病单独或组合出现。眼前节主要由神经嵴细胞 (NCC) ...

大家都很熟悉常规的转录组测序和单细胞转录组测序，，就是检测特定时空下样品的基因表达量，但对表观领域的新秀ATAC-seq，特别是单细胞ATAC-seq，可能很多人都会或多或少的有些困惑，就像我 这位马老师，开口就问，单细胞ATAC-seq有啥用！我简单的解释了两句，她也不是很清楚，所以就有了这篇推文。很 I 高 I 兴 I 你 I 能 I 来希 I 望 I 你 I 别 I 离 I...

一、产品概述DNA甲基化是最早被发现、也是研究最深入的表观遗传调控机制之一。DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现。所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5号碳位共价键结合一个甲基基团。大量研究表明，DNA甲基化能引起染结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作...

一、产品概述DNA甲基化是最早被发现、也是研究最深入的表观遗传调控机制之一。DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现。所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5号碳位共价键结合一个甲基基团。大量研究表明，DNA甲基化能引起染结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作...

一、产品概述 DNA甲基化是最早被发现、也是研究最深入的表观遗传调控机制之一。DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现。所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5号碳位共价键结合一个甲基基团。大量研究表明，DNA甲基化能引起染结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互...

▍HiC-seq介绍Hi-C技术是染色体构象捕获（Chromosome conformation capture，简称为3C）的一种衍生技术，该技术可以高通量的检测所有基因组序列在三维空间上的相互作用。可用于描绘基因组空间构象、染色质的相互作用模式、转录调控以及不同生物学性状的形成机制，并进一步挖掘与生命活动和疾病相关的关键基因和信号通路。

▍eccDNA/ecDNA介绍eccDNA(Extrachromosomal circular DNA)是指细胞内的染色体外环状DNA。近年来的研究表明，eccDNA与衰老，细胞通讯，DNA修复和基因组复制等诸多生理过程有关。2021年Nature发文指出，eccDNA是细胞凋亡的产物，具有免疫原性。此外，eccDNA可以在多个系统中被检出，如神经系统、循环系统、消化系统、免疫系统、肌肉骨骼...

▍ChIP-seq介绍染色质免疫共沉淀技术（ChIP-seq）是研究蛋白和DNA结合的有力工具。利用该技术不仅可以检测给定的转录因子在全基因组上的结合位点，还可以研究给定的组蛋白修饰在全基因组上的分布情况。这有助于理解基因转录调控的分子机制。嘉因生物自2014年成立以来，已经累计完成4000多例ChIP-seq项目。2019年以来，随着CUT&Tag技术的兴起，ChIP-seq的使用有逐渐减...

▍ATAC-seq介绍ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing） 是一种广泛用于研究基因组中开放染色质区域的高通量测序技术。其使用Tn5转座酶将染色质中的开放区域特异性地切割并标记，随后这些被标记的DNA片段会被分离，扩增和测序，从而产生一个基因组范围的染色质可访问性图谱。▍ATAC-seq在生命...

▍CUT&Tag介绍CUT&Tag（Cleavage Under Targets & Tagmentation）能够检测特定转录因子的结合位点或特定组蛋白修饰的发生位点。自从2019年Steven Henikoff 在Nature Communications发布该技术以来（目前引用超过1000次），该技术以其相对简化的实验操作，相对宽松的抗体级别要求，逐渐代替了ChIP-seq（Chrom...

DNBelab C4系列是华大智造推出的单细胞平台。该技术基于Drop-seq的液滴捕获原理，高效捕获细胞并且获取单个细胞内的分子信息。 2022年3月，嘉因生物成为华大智造首批DNBelab C4系列高通量单细胞RNA文库制备认证服务商。2023年，嘉因生物再次获得认证，持续推进该项技术的推广和发展。

RNA上已经报道了超过170种RNA修饰，这些修饰影响着RNA的合成，转运，功能和代谢，进而调节细胞功能。近年来，包括m6A，m7G，ac4C，m5C等在内的RNA修饰成为生命科学的研究热点。

eccDNA(Extrachromosomal circular DNA)是指细胞内的染色体外环状DNA。近年来的研究表明，eccDNA与衰老，细胞通讯，DNA修复和基因组复制等诸多生理过程有关。2021年Nature发文指出，eccDNA是细胞凋亡的产物，具有免疫原性。此外，eccDNA可以在多个系统中被检出，如神经系统、循环系统、消化系统、免疫系统、肌肉骨骼系统和泌尿生殖系统等等。

空间转录组（Spatial Transcriptomics） 是一种用于研究细胞在组织切片上空间分布的实验技术。 传统上，转录组学主要关注基因在整体水平上的表达情况；空间转录组技术允许在组织切片上的成百上千个位置同时检测基因表达量，从而绘制出基因表达/细胞类型的空间图谱。Stereo-seq 是华大研究院开发的空间转录组技术平台。该平台具有纳米级分辨率，厘米级全景视场两大特点。

0110Q：怎样确保在eccDNA结果中线粒体是消除的？线粒体DNA占genomic DNA占比一般是多少？A:eccDNA里的线粒体是很难完全去除的，只有降低在社会中的比例。在eccDNA试验过程中，利用不同种类核酸内切酶能够对线粒体开展消化吸收。其次，将eccDNA下机信息在审查到参照基因组后，会得到审查到线粒体占比。一般而言，eccDNA测序信息在线粒体里的审查率低于10%。0210Q...

2019年Henikoff博士点亮了CUT&Tag新星，发展到今天，CUT&Tag早已隐隐有超过或替代ChIP-seq的态势，对研究DNA-蛋白相互影响带来了更高效的专用工具。眼见为实，事实胜于雄辩信息来源文章内容：CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells样版信息内容：人 K562...

文章标题：Comparison of differential accessibility analysis strategies for ATAC-seq data发表期刊：Scientific Reports影响因子：3.998 (2019)研究背景哺乳动物基因组中的基因调控涉及到不同类型的调控原件，诸如启动子、增强子和绝缘子。据估计在人类和小鼠基因组中有超过两百万调控原件，并且这些调控...

上个月，复旦大学生命科学学院李琳课题组与董爱武、沈文辉课题组合作在PNAS发表题为“AtINO80 represses photomorphogenesis by modulating nucleosome density and H2A.Z incorporation in light-related genes”的研究论文，揭示了染色质重塑子AtINO80参与植物光形态建成的分子机制。光...

CUT&Tag（Cleavage Under Targets & Tagmentation）能够检测特定转录因子的结合位点或特定组蛋白修饰的发生位点。自从2019年Steven Henikoff 在Nature Communications发布该技术以来（目前引用超过1000次），该技术以其相对简化的实验操作，相对宽松的抗体级别要求，逐渐代替了ChIP-seq（Chromatin Immunopr

嘉因生物CUT&Tag/ATACseq/MeRIPseq Nature Genetics客户文章|seRNA-m6A影响癌基因

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