ChIP-seq
ChIP-seq介绍 | 嘉因生物ChIP-seq服务优势
▍ChIP-seq介绍
染色质免疫共沉淀技术（ChIP-seq）是研究蛋白和DNA结合的有力工具。利用该技术不仅可以检测给定的转录因子在全基因组上的结合位点，还可以研究给定的组蛋白修饰在全基因组上的分布情况。这有助于理解基因转录调控的分子机制。
嘉因生物自2014年成立以来，已经累计完成4000多例ChIP-seq项目。2019年以来，随着CUT&Tag技术的兴起，ChIP-seq的使用有逐渐减少的趋势。不过植物和真菌等有细胞壁的样本类型，受制于难以精提核的限制，ChIP-sea仍为首选技术。
▍嘉因生物ChIP-seq服务优势
2022年10月，上海交通大学医学院唐玉杰团队在J Exp Clin Cancer Res（IF=12.658）在线发表题为“ Dissecting super-enhancer driven transcriptional dependencies reveals novel therapeutic strategies and targets for group 3 subtype medulloblastoma ”的研究论文。该文通过对G3-MB的原发组织和来源于患者的肿瘤细胞系进行了整合的SE（super-enhancer，超级增强子）分析，SE相关的亚型特异性上调的肿瘤依赖基因被揭示为SE驱动的G3-MB 核心转录调节网络的成员，并对其进行功能验证和机制研究。研究揭示了超级增强子驱动的G3-MB转录依赖的致癌作用和治疗潜力，从而更好地理解其肿瘤生物学与SE相关的新的治疗策略和靶点。
文中ChIP-seq和RNA-seq部分实验由上海嘉因生物协助完成。
2022年8月27日，海军军医大学何成、苏志达教授团队成员在Nucleic Acids Research最新研究成果，发现TOP2a优先在成年小鼠大脑的神经源性生态位中表达，如心室下区(SVZ)。条件敲除SVZ的成体神经干细胞(NSCs)中的Top2a可以显著抑制它们的自我更新和增殖，通过RNA-Seq和ChIP-Seq技术，确定泛素特异性蛋白酶37(Usp37)是TOP2a的直接靶基因，过表达Usp37可以降低因Top2a基因敲低导致的NSCs的自我更新能力受损。
文中的ChIP-seq实验及分析由嘉因生物协助完成。
2022年2月，南京师范大学袁生团队在mBio杂志上发表学术论文“Molecular Mechanism by Which the GATA Transcription Factor CcNsdD2 Regulates the Developmental Fate of Coprinopsis cinerea under Dark or Light Conditions”，阐述了灰盖鬼伞发育命运调控的分子机制。文章发现GATA转录因子 CcNsdD2通过上调cfs1，cfs2，cgl1和hyd1促进初级菌丝结的形成，虽然CcnsdD2的表达不受到光照和光照节律的直接控制,但CcNsdD2介导的初级菌丝结的发育命运依赖于光照节律的调控。本研究为CcNsdD2的分子机制提供了新的见解。
文中CcNsdD2的ChIP-seq实验及相关分析由嘉因生物协助完成。
2021年11月，浙江大学蔬菜研究所卢钢教授课题组与德国海德堡大学赵心爱博士合作在New Phytologist上合作发表论文“Phytochrome Interacting Factor 3 regulates pollen mitotic division through auxin signaling and sugar metabolism pathways in tomato”，文章揭示了番茄光敏色素互作因子SlPIF3 通过生长素信号通路和糖代谢途径调控花粉发育，并且提出了建立核雄性不育系的新策略。
文中ChIP-Seq实验及分析由嘉因生物协助完成。