Hepatology影响因子26|嘉因生物eccDNA客户文章|Circle-seq研究肝癌发病机制

性染色体外环形DNA(eccDNA)普遍存在于癌病基因组里，是一类尤为重要可是科学研究比较少的致癌因素。肝细胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）是最致命都是最常见的癌病之一，但eccDNA的构造、构成及全基因组工作频率与在肝细胞癌(HCC)中的重要性还未被报导。

2023年5月，四川大学傅湘辉/田艳精英团队全方位探讨了人们HCC中eccDNA的特点，而且发觉带有microRNA-17-92的eccDNA在肿瘤进度中的重要性，该科研成果发表于Hepatology杂志期刊。原文中eccDNA的建库测序分析由嘉因微生物协助完成。

关键结论

人们HCC中eccDNA 全基因组特点   作者选用Circle-seq在基因组水准评定HCC的eccDNA，并对长短遍布、基因构成、性染色体由来、中断点位置等关键特点展开了全景分析。数据显示共鉴定出238781个eccDNA，进一步分析发觉，HCC肿瘤机构样本中的eccDNA数量以及染色体上密度明显高于非肿瘤样版，癌基因在HCC eccDNA上聚集，而且HCC eccDNA上带有更高一些比例顺式调控元器件，特别是增强子。这些结果表明eccDNA很有可能参加HCC的发病机制。

人们HCC中eccDNA差异表达基因   由于eccDNA调控的基因在疾病患病全过程中的作用，作者对eccDNA有关的基因开展分析。在肿瘤样版与非肿瘤样本中各自评定了106859和59875个eccDNA有关基因，差别分析获得了649个差异表达基因。对531个上涨基因进行功能与转录因子聚类算法分析，GO聚集分析发现这些基因与基因表述负调控、miRNA介导的汉语翻译抑止、RNA沉默无言分子伴侣以及参与基因表达后基因沉默mRNA融合有关，这些与miRNA调控息息相关。KEGG通道分析进一步说明带有miR-17-92的eccDNA在HCC中有重要作用。

带上miR-17-92的eccDNA在HCC发展趋势中的重要性   作者在体外生成环形DNA分子结构MIR17HGcircle，用以分析miR-17-92 eccDNA的功效，发觉MIR17HGcircle转染细胞后能够促进HCC细胞生长和转移。TCGA数据信息分析表明MIR17HG拷贝数是肝癌患者的独立危险因素，并且与miR-17-92表述成正比，在作者收集到的HCC体系中也验证了这一结果。这些结果提醒带有miR-17-92的eccDNA的提高有可能是HCC肿瘤的共同特征，而且推动HCC的产生。