Hepatology IF=26 | 嘉因生物eccDNA客户文章 | Circle-seq研究肝癌发病机制

    作者采用Circle-seq在基因组水平鉴定HCC的eccDNA，并对其长度分布、基因组成、染色体来源、断点位置等重要特征进行了全貌分析。结果显示共鉴定出238781个eccDNA，进一步分析发现，HCC肿瘤组织样本中的eccDNA数目及其染色体上的密度显著高于非肿瘤样本，癌基因在HCCeccDNA上富集，并且HCCeccDNA上含有更高比例的顺式调控元件，尤其是增强子。这些结果说明eccDNA可能参与HCC的发病机制。

    鉴于eccDNA调控的基因在疾病发病过程中的重要性，作者对eccDNA相关的基因进行分析。在肿瘤样本和非肿瘤样本中分别鉴定了106859和59875个eccDNA相关基因，差异分析得到了649个差异表达基因。对531个上调基因进行功能与信号通路聚类分析，GO富集分析发现这些基因与基因表达负调控、miRNA介导的翻译抑制、RNA沉默复合体以及参与转录后基因沉默的mRNA结合相关，这些与miRNA调控密切相关。KEGG通路分析进一步表明含有miR-17-92的eccDNA在HCC中有重要作用。

    作者在体外合成环状DNA分子MIR17HG^circle，用于分析miR-17-92eccDNA的功能，发现MIR17HG^circle转染后可以促进HCC细胞的生长和转移。TCGA数据分析显示MIR17HG拷贝数是肝癌患者的独立危险因素，而且与miR-17-92表达正相关，在作者收集的HCC组织中也验证了这一结果。这些结果提示含有miR-17-92的eccDNA的增加可能是HCC肿瘤的共同特征，并且促进HCC的发生。