Cell Reports IF=8.8 | 上海嘉因生物ATAC-seq客户文章 | CTCF与先锋转录因子形成调控中枢决定细胞命运

2023年10月，中国医学科学院基础医学研究所张勇教授、北京大学生命学院李程教授和广州生物岛实验室朱大海教授团队在Cell Reports杂志上发表学术论文“CTCF coordinates cell fate specification via orchestrating regulatory hubs with pioneer transcription factors”，阐明了CTCF（CCCTC-binding factor）作为细胞识别辅助因子，通过与谱系特异性先锋转录因子（pioneer transcription factors）形成调节中枢来调节细胞谱系基因，揭示了CTCF在决定细胞命运中的特异性功能机制。

CTCF是一种普遍表达的结构蛋白，已成为细胞身份基因转录的关键调节因子，但其特殊功能背后的精确分子机制仍然不完全清楚。本研究通过对小鼠和人类的原代肝细胞、肌细胞和B细胞进行综合分析来探索CTCF的机制。研究发现CTCF与谱系特异性先驱转录因子合作，包括MyoD、FOXA 和 PU.1，在1D和3D水平上控制细胞身份。在1D水平上，先驱转录因子通过开放染色质促进谱系特异性CTCF的结合。在3D水平上，CTCF和先锋转录因子形成调控中心来控制细胞身份基因的表达。上述机制已使用MyoD缺失小鼠、CTCF敲除小鼠和生肌分化过程中的CRISPR编辑进行了验证。

文中ATAC-seq实验由上海嘉因生物协助完成。