数据告诉你，CUT&Tag的优势在哪里？

2019年Henikoff博士点亮了CUT&Tag新星，发展到今天，CUT&Tag早已隐隐有超过或替代ChIP-seq的态势，对研究DNA-蛋白相互影响带来了更高效的专用工具。眼见为实，事实胜于雄辩信息来源文章内容：CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells

样版信息内容：人 K562 cells

1.频率稳定度高

比照ChIP-seq、CUT&Tag和CUT&RUN所得到的H3K27me3数据信息，发觉同样信息量（8M Reads）的情形下，三种方法相对应的性染色体pattern类似，CUT&Tag有最低声音分贝和最强大的信号值，而ChIP-seq需要更高的测序深度（50M Reads）才能实现去背景噪音的实际效果，一样，H3K4me1，H3K4me2和RNAPII数据信息也说明了CUT&Tag有更明显的数据信号聚集，这些结果表明CUT&Tag具有较高的频率稳定度。

2.可重复性好，反应速度快

比照ChIP-seq、CUT&RUN、CUT&Tag三种方法的H3K4me1数据信息，制作可重复性相关系数矩阵，数据显示CUT&Tag反复样品的数据信息有高度的相似度，反映了CUT&Tag的精确性高。

为了能量化分析 CUT&Tag、CUT&RUN、ChIP-seq 和ATAC-seq对H3K4me2的敏感性，统一使用MAC2 的默认参数开展call peak，发现同样的数据量前提下，CUT&Tag都有着最高信号值，这说明CUT&Tag他们具有较高的敏感度。

3.转录因子也适用

NPAT仅融合1号染色体异常和6号染色体上的80个染色质开放区域结构域，将NPAT结合位点与染色质开放区域结构域进行对比，数据信息数据显示组蛋白基因启动子地区reads的覆盖率超过99%，此外和ATAC-seq数据信息对比，发现K562基因里的开放式位等级偏少。表明CUT＆Tag适用转录因子科学研究。

根据CUT&Tag、CUT&RUN和ChIP-seq三种方法对（CTCF）DNA结合蛋白展开分析，CUT＆Tag所获得的reads网络信号远远高于此外两种方式。

4、可以进行低样本数试验

CUT&Tag可以对少量体细胞来操作，根据对H3K27me3和H3K27me2的CUT&Tag结果和单细胞生物数据信号结合结论较为，表明CUT&Tag能够用于低细胞表观基因组学剖析。

汇总

实验方案

CUT&Tag

ChIP-Seq

可重复性

高

低

需要体细胞数

至少低到60个

规定10M之上

步骤多元性

低

高，必须化学交联和精彩片段化

实际操作周期时间

短，1-2天

长，3-5天

数据信息频率稳定度

高

低

嘉因提议CUT&Tag和ChIP-Seq怎么选择？

绿色植物之外的物种，强烈推荐CUT&Tag

相对而言CUT&Tag具有更好的成功率和频率稳定度。不论是细胞样本或是机构样版，嘉因都可以很好的详细CUT&Tag实验和剖析。

绿色植物样版，强烈推荐ChIP-seq

绿色植物样版提核艰难，不太适合CUT&Tag，而且嘉因微生物具备很完善的花草ChIP-seq protocol，因此，绿色植物样版强烈推荐做ChIP-seq。