eccDNA常见分析问题解答，你值得拥有

0110Q：怎样确保在eccDNA结果中线粒体是消除的？线粒体DNA占genomic DNA占比一般是多少？

A:eccDNA里的线粒体是很难完全去除的，只有降低在社会中的比例。在eccDNA试验过程中，利用不同种类核酸内切酶能够对线粒体开展消化吸收。其次，将eccDNA下机信息在审查到参照基因组后，会得到审查到线粒体占比。一般而言，eccDNA测序信息在线粒体里的审查率低于10%。

0210Q：针对不同物种eccDNA试验设计来讲，测序深度是不是略有不同？测序深度和基因组规格型号有关系吗？

A：不一样种群，测序深度是有差异的，在一定的测序量下，种群基因组越多，遮挡住深层次越小。依据Devitt.,et al.[1]一文中对eccDNA数据与信息饱和度的极有可能，如图所示，在50M的数据量下eccDNA评定数量饱和，现嘉因对人和小鼠的eccDNA样本一般会测24G的数据量（约80M reads），可以满足后边数据需求。

[1]Devitt,Mller Henrik,et al."Near-Random Distribution of Chromosome-Derived Circular DNA in the Condensed Genome of Pigeons and the Larger,More Repeat-Rich Human Genome."Genome Biology and Evolution 1(2019):1.

0310Q：eccDNA能不能和ATAC-seq和ChIP-seq联合分析，如果可以，会得到什么样的成绩？

A：利用根据Tn5酶处理的ATAC-seq数据可以评定正常的和癌症细胞株里的eccDNA，基本问题详细嘉因微生物公众号中有关Kumar P.,et al[2]一文的认识（哪些？ATAC-seq数据与信息竟然能评定eccDNA?）。eccDNA与ATACseq 的联合分析能够获得扩大进口染色质区域地图eccDNA，而位于eccDNA里的基因与癌细胞对于环境的适应能力有关（如下图所示1），参照文章内容详细Wu S.,et al.[3]。一样，利用ChIPseq与eccDNA开展联合分析，能够对位于eccDNA里的基因的基因描述管理体系进行解析，在胶质母细胞瘤样本中作者发觉EGFR基因要以性染色体摔下去造成eccDNA，融合ChIPseq测序数据与信息，作者发觉EGFR增强子电子元器件在9种胶质母细胞瘤种获得了不断增加（如下图所示2），文章内容详细 Morton Andrew R.,et al.[4]

[2]Kumar P,Kiran S,Saha S,et al.ATAC-seq identifies thousands of extrachromosomal circular DNA in cancer and cell lines[J].ence Advances,2020,6(20):eaba2489.

[3]Wu,Sihan,et al."Circular ecDNA promotes accessible chromatin and high oncogene expression."Nature 575.7784(2019):1-5.

[4]Morton Andrew R,Faber Zachary J et al.“Functional Enhancers Shape Extrachromosomal Oncogene Amplifications.”Cell,2019,179:1330-1341.e13.

0410Q：eccDNA的注解特征是什么？一般而言在哪个功能区域地图eccDNA比例较多？

A：Teressa.,et al.[5]发觉eccDNA 是来自于基因组中的热点城市，包含：5′UTRs,exons 和 CpG islands。Kumar,et al[6]消息称，eccDNA在内含子，基因，持续电子元器件地区存在较多，结论见下图。

[5]Teressa,Paulsen,et al."Small extrachromosomal circular DNAs,microDNA,produce short regulatory RNAs that suppress gene expression independent of canonical promoters."Nucleic Acids Research 9(2019):9.

[6]Kumar,Pankaj,et al."Normal and Cancerous Tissues Release Extrachromosomal Circular DNA(eccDNA)into the Circulation."Molecular Cancer Research Mcr(2017):1197.

0510Q：评定eccDNA的app除开circleMap之外，还有没有其他的的手机软件？

A：除circleMap外，CircleFinder,AmpliconArchitect是大家比较常见的app。

0610Q：如何保障数据统计分析到的是eccDNA并不是性染色体DNA开放阅读框？

A：在eccDNA建库测序前，实验相关人员已利用内切酶和眶隔脂肪释放酶对线形染色体上的DNA开展清除，有关实验内容，嘉因以前的帖子里有详细的讲解（这是一份详尽的eccDNA聚集protocol）。

0710Q：绿色植物样本的能做eccDNA吗？绿色植物基因组十分小就好几百Mb，测序信息量有什么提议？

A：绿色植物样本能够进行eccDNA的有关实验，但线粒体和线形性染色体清除流程要找到更好的内切酶及marker基因，现阶段在和老鼠上marker基因比较明确，其他种群需教师给予marker基因，或者按照人与小鼠的反应原理马上进行检验。有关测序量难题，参照难题2。

0810Q：有关分子生物学持续有什么提议？临床医学样本很多因而多少钱样本？

A：在治疗样本中，现阶段调查过的分子生物学持续起码是6个，来自文章内容Møller,H.D.,et al.[7]。现阶段不一样癌病类别的细胞株中评定eccDNA更加重视不一样癌病种类，同一癌病类别的试验设计偏少。

[7]Møller,H.D.,Mohiyuddin,M.,Prada-Luengo,I.et al.Circular DNA elements of chromosomal origin are common in healthy human somatic tissue.Nat Commun 9,1069(2018).https://doi.org/10.1038/s41467-018-03369-8

0910Q：eccDNA能不能剖析基因基因基因突变？

A：eccDNA针对节点处辨别思维逻辑结构变异，不论是在分子生物学制度的造成，或是专业软件的判断标准均有一定程度的相似度，是可以进行这方面的研究的。

1010Q：能不能剖析eccDNA信息的源头RNA？

A：发布于2019年Nucleic Acids Research 期刊Teressa P.,et al.[8]文中告诫我们。作者验证成功人工合成环形DNA功能后发觉，环形DNA能够带来短的调控RNA（microRNA/si-like RNA），在没有任何丰富性启动子的情况下抑止基因的描述。来自外显子的microDNA可以通过短发夹结构抑止总体目标基因的描述；microRNA可以通过与RNA聚合酶有关，抑止基因叙述。

此外，在癌症样本中，作者根据对鉴定出的eccDNA里的mRNA进行数据分析之后发现，坐落于eccDNA里的致癌物质基因可以基因描述很多转录本，结论如下图所示1所显示，叙述量高的致癌物质基因包含（图2）：EGFR，MYC，CDK4，MDM2，这种基因在癌症基因组中的表达量为top1%，文章内容详细连接Wu S.,et al.[9]。

[8]Teressa P,Yoshiyuki S,Pankaj K,et al.Small extrachromosomal circular DNAs,microDNA,produce short regulatory RNAs that suppress gene expression independent of canonical promoters[J].Nucleic Acids Research,2019(9):9.

[9]Wu S,Turner K M,Nguyen N,et al.Circular ecDNA promotes accessible chromatin and high oncogene expression[J].Nature,2019,575(7784):1-5.